Para el manejo de las tierras fue necesario crear nuevos organismos: en España, se creó "La casa de contratación", que estaba encargada en gran parte del comercio y de la inmigración de los españoles. "El consejo de indias", se encargaba de hacer las leyes para gobernar América y hacer juicios a los funcionarios públicos que salían de un gran cargo.
paralelamente en América se nombraron nuevos personajes y/o organizaciones, que de alguna manera ayudaron al rey en su gobierno.
- Virrey: este era la autoridad máxima enviada por el monarca y se encargaba del virreinato, asimismo tenia poder ejecutivo,judicial y actuaba como si fuese el rey, pero con prohibición de contraer matrimonio en América.
- Gobernadores: eran nombrados por el rey y dependían directamente del virreinato, sin embargo, su mandato era relativo, ya que si por algún motivo llegaba a fallecer eran sustituidos por algún miembro de la audiencia real.
- Real audiencia: integrado por el gobernador, jueces y un fiscal acusador. Este advertía al rey sobre la conducta de los funcionarios y velaba por la protección de los indígenas.
- Cabildo abierto: se invitaban a los principales vecinos y se trataban temas que afectaban a la ciudad.
- Cabildo cerrado: en ese participaban sólo miembros oficiales y se reunían dos o tres veces al mes.
De esta manera el rey controlaba el territorio desde la lejanía, tomando en cuenta que un viaje a América en esos años demoraba mas o menos un año aproximadamente (ida y vuelta), sin embargo, con las medidas tomadas pudo ejercer su autoridad con plena tranquilidad.